標識整體造型質(zhì)樸簡約、靜動相生、線條流暢，富有動感，具有極強烈的時代感和視覺沖擊力，傳達出了一個現(xiàn)代化研究所的嶄新形象。

線條和環(huán)形代表了加速器的兩種基本工作模式。三個弧形線條寓意了應用物理所的三個層次的工作和三個學科領域。弧線暗示著物質(zhì)的流動，事物的延續(xù)。向上突破的造型，猶如一種能量的迸發(fā)，沖破束縛，攀登科學的新高峰。又從另一方面體現(xiàn)出了應用物理所人積極進取的向上精神。三條色彩從圓環(huán)中沖出、象征著創(chuàng)新、突破和進取。

整體外形好似英文字母“A”和“P”，突出了“應用”（Applied）、“物理”（Physics）所的學科特點——格物致用。

標識以光的三原色紅、綠、藍為主色，一方面體現(xiàn)了應用物理所紅墻綠樹的研究所（科技藍）園區(qū)風光，另一方面寓意著應用物理所多學科交叉的研究方向。

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